Communication

Lycovitis : un outil web intégrant diagnostic par l’image et code-barres moléculaires pour démasquer les bioagresseurs de la tomate et la vigne

Session thématique #03
Diversité et protection des plantes
Communication orale

Co-auteur(s) : Marion Fischer-Le Saux 1, Perrine Portier 1, Martial Briand 1, Géraldine Taghouti 1, Paul-Emile Bertrand 1, Maude Jacquel 1, Kevin Floch 1, Valérie Laval 2, Jean-Claude Streito 3

La tomate et la vigne sont deux cultures caractérisées par la diversité de leurs bio-agresseurs (insectes, nématodes, champignons, bactéries et virus). A ce titre, elles ont été choisies comme cultures modèles pour le projet Lycovitis, rassemblant un consortium d’une dizaine d’équipes spécialisées dans la systématique de ces ravageurs et les méthodes d’identification moléculaire.

Dans le cadre de ce projet une interface web est en construction (mise en ligne prévue fin 2016). Elle s’intègrera au portail web e-phytia qui propose déjà plusieurs applications en santé des plantes. Ainsi, via les fiches bio-agresseurs ou lorsqu’une hypothèse d’identification aura été proposée à l’issu d’un diagnostic par l’image, l’utilisateur aura accès à des fiches conseils pour un diagnostic de laboratoire et à des bases de données phénotypiques et moléculaires sur la systématique des bio-agresseurs. La collection française des bactéries associées aux plantes (CIRM-CFBP, UMR IRHS, Angers) partenaire de ce projet, a réalisé le typage moléculaire par séquençage partiel de deux gènes de ménage de plusieurs centaines de souches des genres Xanthomonas, Pseudomonas, Clavibacter, Ralstonia...

Nous montrons que cette approche permet une identification robuste des bactéries pathogènes de la tomate et la vigne, permettant notamment de les distinguer de souches non pathogènes phylogénétiquement proches. Ces protocoles validés et les bases de données de référence ainsi constituées permettent d’ores et déjà au CIRM-CFBP de proposer un service d’identification des bactéries phytopathogènes et un outil d’aide à l’identification moléculaire accessible en ligne (phylosearch). Le projet Lycovitis permettra d’agréger l’ensemble des données sur les bio-agresseurs de la tomate et la vigne afin de proposer un outil web intégratif qui complètera les applications d’e-phytia déjà accessibles gratuitement aux professionnels et conseillers en santé des plantes.

1 IRHS, Agrocampus-Ouest, INRA, Université d’Angers, SFR 4207 QuaSaV, 49071, Beaucouzé, France
2 INRA, UMR1290 BIOGER, 78850 Thiverval-Grignon, France
3 INRA, CBGP, 34988 Montferrier-Sur-Lez, France