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Certaines pratiques culturales (le labour, le désherbage chimique ou la gestion chimique des ravageurs) sont généralement connues pour avoir un impact considérable sur l'environnement, avec des effets négatifs sur la diversité et l'abondance des microorganismes du sol, et des pollutions des eaux et des sols. Dans un contexte agro-écologique, des stratégies novatrices ont été développées pour réduire cet impact en particulier l’agroforesterie qui permet une gestion écologique et durable des terres. Cependant, l’agroforesterie est généralement développée en système de grandes cultures ou d’élevage, mais faiblement référencée pour les cultures de vigne.

La présente étude évalue les effets d’arbres plantés dans des parcelles de vigne de trois régions différentes du sud-ouest de la France : Bordeaux, Cahors, Côtes de Gascogne. Les sols des différentes parcelles ont été échantillonnés et les communautés microbiennes du sol ont été caractérisées par une approche métagénomique consistant à extraire et caractériser la biomasse moléculaire de l'ADN microbien du sol, le ratio champignons / bactéries par qPCR et la diversité microbienne avec un séquençage Illumina des régions 16S et 18S. Plus précisément l'impact de la distance à l'arbre, ainsi que la croissance de l'arbre sur la communauté microbienne du sol ont été étudiés. Les résultats obtenus permettent la construction du premier système de référence pour les sols viticoles conduits en agroforesterie et seront caractérisés en termes de qualité du sol, de fonctionnement et de durabilité.