Communication

Co-auteur(s) : Montagne Virginie ¹²³⁴, Grosbellet Claire ¹, Capiaux Hervé ², Cannavo Patrice ³, Charpentier Sylvain ³, Lebeau Thierry ⁴

Les stratégies de lutte biologique sont à l’heure actuelle en plein développement. Elles ont pour objectif le contrôle de phyto-pathogènes (notamment les pathogènes telluriques). Ces alternatives aux pesticides sont particulièrement attendues en raison de la réduction du nombre de fongicides autorisés, le nombre croissant des résistances aux fongicides et la demande de notre société à consommer des produits sains et issus d’un système de culture durable. Les horticulteurs et maraîchers sont donc dans l’attente de nouvelles stratégies biologiques pour contrôler les pathogènes. Les effets suppressifs de certains matériaux ligno-cellulosiques commercialisés ont déjà été observés.

L'objectif de la présente étude est d'étudier les facteurs abiotiques et biotiques impliqués dans l'effet suppressif de huit substrats organiques : quatre fibres de bois, deux fibres de coco et deux tourbes brunes. Pour ce faire, nous pensons que les communautés microbiennes qui colonisent naturellement les substrats jouent un rôle essentiel dans ce phénomène. Tout d'abord, les fractions biochimiques ont été caractérisées et comparées (méthode Van Soest et Microscopie Electronique à Balayage). Nous avons également déterminé l'activité microbienne (minéralisation des substrats organiques au cours d'une expérience de trois mois) et analysé la structure des communautés microbiennes (Polymerase Chain Reaction-Temporal Temperature Gradient Electrophoresis).

Les résultats ont montré que ce sont préférentiellement des champignons qui se développent dans les substrats. Les cinétiques de minéralisation sont similaires entre les deux fibres de coco ainsi qu'entre les quatre fibres de bois. Par ailleurs, les taux de minéralisation des fibres de coco sont supérieurs à ceux des fibres de bois. La dynamique de minéralisation a été modélisée à l'aide d’une cinétique de premier ordre et de deux catégories de micro-organismes. Les fractions biochimiques ne permettent pas d’expliquer ces différences. Cependant, la structure des communautés microbiennes (par des empreintes microbiennes TTGE) est différente entre les substrats. Les structures fongiques de la tourbe et des fibres de coco montrent 40% de similitude. Au contraire, les structures des fibres de bois sont différentes et bien spécifiques. Des expériences complémentaires sont en cours pour étudier les relations entre les substrats organiques, la structure des communautés microbiennes et l'effet suppressif contre un pathogène fréquemment rencontré en culture de concombres (Fusarium oxysporum f. sp.).

¹ Florentaise - Grand Patîs, 44850 Saint-Mars du Désert
² PAM - IUT génie biologique, 18, bd Gaston Defferre, 85035 La Roche sur Yon
³ EPHOR - Agrocampus Ouest, 2, rue André Le Nôtre, 49045 Angers
⁴ LPG-Nantes - 2, rue de la Houssinière, 44322 Nantes